El INER es un Instituto de alta especialidad en enfermedades respiratorias (neumológicas) de adultos, otorrinolaringología, Neumopediatría y cirugía de tórax. Por ello atiende a personas que presentan enfermedades respiratorias complicadas o de difícil control, como por ejemplo: Asma Bronquial, Enfermedad Pulmonar Obstructiva Crónica (EPOC tipo Enfisema o Bronquitis Crónica), Fibrosis Pulmonar, Neumonías, Tuberculosis, micosis, derrame pleural, empiema, Cáncer pulmonar, estenosis traqueal, complicaciones pulmonares por el VIH/SIDA, etc. También se atienden enfermedades de los oídos, nariz y garganta (hipoacusia, otitis media, rinitis obstructiva crónica, poliposis, sinusitis, laringitis etc.), y se realizan, además, procedimientos quirúrgicos o cirugías de tórax como biopsias pulmonares, lobectomías, resección de tumores y broncoscopías, entre otros.