El Departamento de Planeación surge aproximadamente en el año de 1980 como Unidad de Planeación, Organización y Evaluación.

El 14 de enero de 1982 el C. Presidente de la República José López Portillo emitió un Decreto a través del cual se creó el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias, como Organismo Público Descentralizado con personalidad jurídica y patrimonio propios quedando subrogado a todos los derechos y obligaciones del Instituto Nacional de Enfermedades Pulmonares de la Secretaría de Salubridad y Asistencia, el cual fue abrogado por el decreto del 4 de agosto de 1988.

La creación del Instituto obedeció al interés de que este organismo se encargue de realizar investigación básica y aplicada, impartir enseñanza, prestar asesoría técnica a las Unidades Médicas y proporcionar atención médica para la prevención, diagnóstico, tratamiento y rehabilitación de las enfermedades respiratorias.
En la modificación de estructura organizacional del año de 1983 se crearon las áreas de Investigación, Enseñanza, Asistencia y Administración, las designaciones se realizaron con el acuerdo de la Junta Directiva.

En el ejercicio 1991 el Departamento de Planeación deja de depender de la División de Registro Contable y Tesorería (Actualmente Subdirección de Recursos Financieros) y se convierte en Departamento Staff.
Durante el periodo 2000-2003 el Departamento de Planeación está conformado por cuatro áreas de Coordinación, 1) Programación y Estadística; 2) Informática; 3) Seguimiento e Integración; y 4) Organización y Modernización Administrativa.

En el mes de enero de 2004 el Departamento de Planeación, tuvo una compactación importante en su estructura y en su personal, por lo que se integra de dos áreas: 1) Coordinación de Programación y Organización y 2) Unidad de Costos.

En el mes de julio de 2006 se integra Unidad de Costos a la Subdirección de Recursos Financieros.
A principios del 2007 se integra al Departamento de Planeación la Oficina de Bioestadística, con la finalidad de controlar mejor el flujo de información, facilitando con ello el contar en tiempo y forma con las estadísticas hospitalarias para la integración de los informes solicitados por las diferentes globalizadoras.